Uniwersytet Pedagogiczny  im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie jest uczelnią publiczną. Uczelnia działa w oparciu o przepisy ustawy z dnia 27 lipca 2005 roku Prawo o szkolnictwie wyższym (Dz.U. z 2005 r., Nr 164, poz. 1365), a także Statutu  z dnia 29 maja 2006 roku. Zwierzchni nadzór nad Uniwersytetem Pedagogicznym im. Komisji Edukacji Narodowej w  Krakowie sprawuje Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego.