Rektor kieruje działalnością Uczelni i reprezentuje ją na zewnątrz, jest przełożonym pracowników , studentów i doktorantów Uczelni.

Rektor kieruje działalnością Uczelni przy  pomocy  trzech prorektorów :

• Prorektora ds. Nauki i Współpracy z Zagranicą
• Prorektora ds. Rozwoju i Dydaktyki
• Prorektora ds. Studenckich i Współpracy z Oświatą  

Dziekan kieruje wydziałem i reprezentuje go na zewnatrz.

W Uniwersytecie Pedagogicznym im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie  na czele pięciu wydziałów stoją:

• Dziekan Wydziału Humanistycznego,
• Dziekan Wydziału Pedagogicznego,
• Dziekan Wydziału Geograficzno-Biologicznego,
• Dziekan Wydziału Matematyczno-Fizyczno-Technicznego,
• Dziekan Wydziału Sztuki